TURBOMOLE: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m (1 wersja)
Linia 10: Linia 10:
 
Należy wejść do katalogu z plikami wejściowymi, wydać polecenie:
 
Należy wejść do katalogu z plikami wejściowymi, wydać polecenie:
  
  sub-turbomole <nazwa_programu> <pamięć> <kolejka> <liczba cpu>
+
  sub-turbomole nazwa_programu [kolejka] [liczba rdzeni]
 
+
gdzie:
+
  
 +
Gdzie:
 
* <code><nazwa_programu></code> to coś z:
 
* <code><nazwa_programu></code> to coś z:
 
<pre>
 
<pre>
Linia 26: Linia 25:
 
</pre>
 
</pre>
  
* <code><pamięć></code> to pamięć przydzielona zadaniu (sumarycznie).
+
* kolejka - to np. parallel
* <code><kolejka></code> to np. parallel
+
* liczba rdzeni - to liczba rdzeni obliczeniowych przydzielonych zadaniu
* <code><liczba cpu></code> to liczba procesorów przydzielonych zadaniu
+
  
 
Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie <code>TURBO_<nazwa_programu>.o*</code>
 
Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie <code>TURBO_<nazwa_programu>.o*</code>

Wersja z 09:05, 21 gru 2011

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

TURBOMOLE - pakiet do obliczeń chemicznych metodami ab initio, implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.

Korzystanie z Turbomole w WCSS

Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze Nova.

Sposób użycia

Należy wejść do katalogu z plikami wejściowymi, wydać polecenie:

sub-turbomole nazwa_programu [kolejka] [liczba rdzeni]

Gdzie:

  • <nazwa_programu> to coś z:
aoforce     eigerf      moloch      ricc2_mpi   sdg         
atbandbta   escf        mpgrad      riccprep    statpt
bsseenergy  freeh       mpgrad_mpi  ridft       tm2molden
cosmoprep   frog        mpshift     ridft_mpi   uff
define      grad        rdgrad      rimp2       vibration
dscf        grad_mpi    rdgrad_mpi  rimp2prep   jobex
dscf_mpi    intense     relax       ruecker     
egrad       mdprep      ricc2       sammler     
  • kolejka - to np. parallel
  • liczba rdzeni - to liczba rdzeni obliczeniowych przydzielonych zadaniu

Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie TURBO_<nazwa_programu>.o*

Dokumentacja


Zobacz też: Oprogramowanie KDM