Tripos Sybyl: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania
m (1 wersja: S-Ś)
 
(Nie pokazano 12 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Tripos Sybyl</small>
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Tezro]]}}
+
<!--{{aplikacja|nazwa=SYBYL|logo=|serwer=[[Klaster kampusowy]] |wersja=Sybyl-X 2.0}}-->
 +
 
 
'''SYBYL''' - pakiet chemiczny firmy Tripos. SYBYL jest oprogramowaniem do modelowania molekularnego, umożliwiającym projektowanie, analizę i wizualizację struktur molekularnych.
 
'''SYBYL''' - pakiet chemiczny firmy Tripos. SYBYL jest oprogramowaniem do modelowania molekularnego, umożliwiającym projektowanie, analizę i wizualizację struktur molekularnych.
  
'''Uwaga''' - Sybyl jest dostępny na [[Tezro]].
+
== Licencja ==
 
+
[[WCSS]] nie udostępnia pakietu SYBYL. Pakiet jest dostępny w innych ośrodkach KDM w Polsce w ramach krajowej licencji na oprogramowanie firmy Tripos, koordynowanej przez ICM (strona licencji krajowej: http://www.icm.edu.pl/kdm/Tripos).
'''Uwaga''' - prosimy o sprawdzanie, czy po zakończeniu pracy interaktywnej nie został zbędny proces w tle.
+
 
+
== Informacje ogólne ==
+
Pakiet SYBYL zawiera moduły:
+
* SYBYL/Basic
+
* SYBYL/Advanced Computation
+
* SYBYL/Dynamics
+
* SYBYL/Biopolymer
+
* SYBYL/Composer
+
* SYBYL/QSAR (Quantitive Structure/Activity Relationship)  
+
* CONCORD
+
* RECEPTOR
+
  
 +
<!--
 
== Sybyl w WCSS ==
 
== Sybyl w WCSS ==
[[WCSS]] udostępnia pakiet SYBYL (wersja 8.0) w ramach krajowej licencji na oprogramowanie firmy Tripos, koordynowanej przez ICM (strona licencji krajowej: http://www.icm.edu.pl/kdm/Tripos).
+
Oprogramowanie Sybyl-X udostępniane jest na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym]] oraz do zainstalowania na swoim komputerze (Windows, Mac OS, Linux). W celu ustalenia możliwości udostępnienia prosimy kontaktować się z [[kontakt|administratorami]].
 
+
;Środowisko aplikacji
+
SYBYL wymaga kilku zmiennych środowiskowych, które ustawiane są domyślnie dla każdego użytkownika podczas logowania na serwer, np. dla tcsh:
+
setenv TA_ROOT /usr/local/tripos/sybyl8.0
+
setenv TA_LICENSE_FILE /usr/local/licenses/tripos.lic
+
 
+
Domyślne ustawienia pakietu można personalizować ustawiając opcje w pliku <code>/home/$USER/.sybylrc</code>.
+
 
+
;Uruchamianie aplikacji
+
Aby uruchomić aplikację na zdalnej stacji graficznej należy:
+
* mieć uruchomione na stacji środowisko graficzne X-Window
+
* zalogować się na serwer [[Tezro]], pamiętając o [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniu wyświetlania]]
+
> ssh -X tezro
+
* wywołać program komendą:
+
> sybyl
+
  
 
;Sprawdzanie dostępności modułów
 
;Sprawdzanie dostępności modułów
Linia 67: Linia 42:
 
*ProTable
 
*ProTable
 
*MatchMaker
 
*MatchMaker
 +
|
 
*LeapFrog
 
*LeapFrog
 
*Legion
 
*Legion
Linia 74: Linia 50:
 
*MARDIGRAS+
 
*MARDIGRAS+
 
*Almond
 
*Almond
|
 
 
*Tuplets
 
*Tuplets
 
*Fugue
 
*Fugue
Linia 83: Linia 58:
 
*Molconn-Z
 
*Molconn-Z
 
*UNITY Base
 
*UNITY Base
 +
|
 
*UNITY 3D
 
*UNITY 3D
 
*UNITY Extra Search Engine
 
*UNITY Extra Search Engine
Linia 105: Linia 81:
  
 
'''Uwaga''' - wycofano oprogramowanie FlexX.
 
'''Uwaga''' - wycofano oprogramowanie FlexX.
 
+
-->
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
Dokumentacja on-line dostępna na serwerze usługowym KDM:
 
* [http://sol.wcss.wroc.pl:5080/TriposBookshelf/ Tripos Bookshelf] (dostępna wyłącznie z komputerów sieci [[WASK]])
 
;Linki zewnętrzne
 
 
* [http://www.tripos.com/index.php?family=modules,SimplePage,,,&page=comp_informatics Opis produktu]
 
* [http://www.tripos.com/index.php?family=modules,SimplePage,,,&page=comp_informatics Opis produktu]
  
Linia 116: Linia 89:
  
 
{{oprogramowanie}}
 
{{oprogramowanie}}
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
+
[[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Aktualna wersja na dzień 10:30, 25 paź 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Tripos Sybyl

SYBYL - pakiet chemiczny firmy Tripos. SYBYL jest oprogramowaniem do modelowania molekularnego, umożliwiającym projektowanie, analizę i wizualizację struktur molekularnych.

Licencja

WCSS nie udostępnia pakietu SYBYL. Pakiet jest dostępny w innych ośrodkach KDM w Polsce w ramach krajowej licencji na oprogramowanie firmy Tripos, koordynowanej przez ICM (strona licencji krajowej: http://www.icm.edu.pl/kdm/Tripos).

Dokumentacja


Zobacz też: Oprogramowanie KDM