Tripos Sybyl: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 10:26, 3 wrz 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Tripos Sybyl

SYBYL

Serwer	Wersja
Klaster kampusowy	Sybyl-X 1.3 Sybyl-X 2.0
Do pobrania	Sybyl-X 1.3 Sybyl-X 2.0
Kontakt
kdm@wcss.pl

SYBYL - pakiet chemiczny firmy Tripos. SYBYL jest oprogramowaniem do modelowania molekularnego, umożliwiającym projektowanie, analizę i wizualizację struktur molekularnych.

Licencja

WCSS udostępnia pakiet SYBYL (wersja 8.0) w ramach krajowej licencji na oprogramowanie firmy Tripos, koordynowanej przez ICM (strona licencji krajowej: http://www.icm.edu.pl/kdm/Tripos).

Licencja jest ważna do 30 września 2012. Użytkownicy planujący wykorzystanie Sybyla po tej dacie proszeni są o zgłaszanie swoich planów administratorom.

Sybyl w WCSS

Najnowszą wersję oprogramowania Sybyl-X udostępniamy na klastrze kampusowym oraz do zainstalowania na swoim komputerze (Windows, Mac OS, Linux). W celu ustalenia możliwości udostępnienia prosimy kontaktować się z administratorami.

Sprawdzanie dostępności modułów

Ponieważ Tripos Sybyl jest udostępniany w ramach licencji krajowej może się zdarzyć, że poszczególne moduły będą w danej chwili w użyciu i trzeba poczekać na zwolnienie się odpowiedniej liczby tokenów. Każdy użytkownik może sprawdzić aktualny stan wykorzystania modułów odpytując serwer licencji:

na serwerze wykonać polecenie, np. dla tcsh:

> setenv LM_LICENSE_FILE 1705@krankenschwester.icm.edu.pl
> lmstat -a

dla wygody można wynik polecenia przekierować do pliku

> lmstat -a > sybyl.status.txt
> less sybyl.status.txt

Lista modułów

SYBYL BASE
CONCORD-SKETCH
MOLCAD
ADVANCED COMPUTATION
RECEPTOR
GASP
DISCOtech
HQSAR
QSAR
ADVANCED CoMFA
BIOPOLYMER
COMPOSER
GeneFold
ProTable
MatchMaker

LeapFrog
Legion
Selector
DYNAMICS
TRIAD
MARDIGRAS+
Almond
Tuplets
Fugue
Rachel
Hint!
ZAP
OptDesign
Molconn-Z
UNITY Base

UNITY 3D
UNITY Extra Search Engine
CONCORD-STAND ALONE
Power CONCORD
StereoPlex
Distill
SiteID
Confort
Confort 3D
ClogP
Diverse Solutions
VolSurf
Cscore

Nowe moduły

Uwaga - wycofano oprogramowanie FlexX.

Dokumentacja

Dokumentacja on-line dostępna na serwerze usługowym KDM:

Tripos Bookshelf (dostępna wyłącznie z komputerów sieci WASK)

Linki zewnętrzne

Opis produktu

Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
-<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Tripos Sybyl</small>
-{{aplikacja|nazwa=SYBYL|logo=|serwer=[[Tezro]]|wersja=8.0|serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=Sybyl-X 1.3 |serwer3=Do pobrania|wersja31=Sybyl-X 1.3 |wersja32=Sybyl-X 2.0}}
+{{aplikacja|nazwa=SYBYL|logo=|serwer=[[Klaster kampusowy]] |wersja=Sybyl-X 1.3 |wersja2=Sybyl-X 2.0|serwer2=Do pobrania|wersja21=Sybyl-X 1.3 |wersja22=Sybyl-X 2.0}}
 '''SYBYL''' - pakiet chemiczny firmy Tripos. SYBYL jest oprogramowaniem do modelowania molekularnego, umożliwiającym projektowanie, analizę i wizualizację struktur molekularnych.
@@ Linia 7: / Linia 7: @@
 '''Licencja jest ważna do 30 września 2012'''. Użytkownicy planujący wykorzystanie Sybyla po tej dacie proszeni są o zgłaszanie swoich planów [[kontakt|administratorom]].
 == Sybyl w WCSS ==
-Sybyl jest dostępny na [[Tezro]] w wersji 8.0. Najnowszą wersję oprogramowania Sybyl-X udostępniamy do zainstalowania na swoim komputerze (Windows, Mac OS, Linux), w celu ustalenia możliwości udostępnienia prosimy kontaktować się z [[kontakt|administratorami]].
+Najnowszą wersję oprogramowania Sybyl-X udostępniamy na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym]] oraz do zainstalowania na swoim komputerze (Windows, Mac OS, Linux). W celu ustalenia możliwości udostępnienia prosimy kontaktować się z [[kontakt|administratorami]].
-;Środowisko aplikacji
-SYBYL wymaga kilku zmiennych środowiskowych, które ustawiane są domyślnie dla każdego użytkownika podczas logowania na serwer, np. dla tcsh:
- setenv TA_ROOT /usr/local/tripos/sybyl8.0
- setenv TA_LICENSE_FILE /usr/local/licenses/tripos.lic
-Domyślne ustawienia pakietu można personalizować ustawiając opcje w pliku <code>/home/$USER/.sybylrc</code>.
-;Uruchamianie aplikacji
-Aby uruchomić aplikację na zdalnej stacji graficznej należy:
-* mieć uruchomione na stacji środowisko graficzne X-Window
-* zalogować się na serwer [[Tezro]], pamiętając o [[Przekierowanie wyświetlania|przekierowaniu wyświetlania]]
- > ssh -X tezro
-* wywołać program komendą:
- > sybyl
-'''Uwaga''' - prosimy o sprawdzanie, czy po zakończeniu pracy interaktywnej nie został zbędny proces w tle.
 ;Sprawdzanie dostępności modułów
@@ Linia 58: / Linia 42: @@
 *ProTable
 *MatchMaker
+|
 *LeapFrog
 *Legion
@@ Linia 65: / Linia 50: @@
 *MARDIGRAS+
 *Almond
-|
 *Tuplets
 *Fugue
@@ Linia 74: / Linia 58: @@
 *Molconn-Z
 *UNITY Base
+|
 *UNITY 3D
 *UNITY Extra Search Engine