< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| APBS | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 1.3 |
APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver) - pakiet umożliwiający ocenę właściwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych.
Aplikacja służy m.in. do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w środowisku o określonym pH.
Obszary zastosowań:
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu kolejkowego PBS, służy do tego polecenie:
/usr/local/bin/sub-apbs plik-wejsciowy [liczba-procesorow] [pamiec] [kolejka]
Gdzie:
plik-wejsciowy - plik z danymi programu
liczba-procesorow - łączna liczba rdzeni na których mają być prowadzone obliczenia, parametr opcjonalny, wartość domyślna: 4 rdzenie
pamiec - zapotrzebowanie na pamięć operacyjną per rdzeń, w MB, wartość domyślna: 1800 MB.
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ Accelrys [ MS, DS ] ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS ⋅ ANSYS Fluent ⋅ ANSYS CFX ⋅ APBS ⋅ AutoDock ⋅ AutoDock Vina ⋅ Cfour ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL09 ⋅ Dalton ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ Hmmer ⋅ LAMMPS ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Meep ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ Orca ⋅ Pro/ENGINEER ⋅ R ⋅ SIESTA ⋅ Tripos Sybyl ⋅ TURBOMOLE ⋅ Xaim |
|---|